Aqua S.A. realizując cele biznesowe przyjęła w swojej misji harmonijne i łączne osiąganie zadowolenia klientów, akcjonariuszy i załogi przy jednoczesnym ograniczeniu wpływu działalności na środowisko naturalne. Misja ta realizowana jest poprzez funkcjonowanie i doskonalenie Zintegrowanego Systemu Zarządzania, który opiera się na:
Wdrożony System Zarządzania Środowiskowego ISO 14001:2004 oraz system zarządzania jakością ISO 9001:2008 obejmuje ujmowanie, uzdatnianie i dystrybucje wody oraz odbiór, oczyszczanie i odprowadzanie ścieków.
System zarządzania bezpieczeństwem zdrowotnym żywności ISO 22000:2005 obejmuje ujmowanie, uzdatnianie i dystrybucję wody.
Należy podkreślić, że Spółka zintegrowała go z innymi systemami i wdrożyła ISO 22000:2005 jako pierwsze przedsiębiorstwo w branży wodociągowo-kanalizacyjne w Unii Europejskiej.
Potwierdzeniem działań pro-jakościowych Spółki było otrzymanie w 2007 roku Śląskiej Nagrody Jakości w kategorii - duże przedsiębiorstwo produkcyjno-usługowe. W 2008 roku Spółka została również Laureatem w XIV edycji konkursu Polskiej Nagrody Jakości w kategorii duże organizacje.